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一、主线故事篇
1、传闻五百年前，圣女雨璃牺牲自己，封印神魔元神，但圣女始终是凡人之躯，无法像神后那样设下神魔封印，一部分神魔元神逸散出来，进入轮回。九天玄女预言五百年后，这些进入轮回的神魔元神必将受到命轮的指引，解开神魔封印，届时神魔之力重现人间，祸福难测，唯一的办法是指引这命定的转世之人踏上正道，从而利用神魔之力造福世间。
2、五百年后，当年雨璃封印神魔元神之处已化为仙岛，悬于九天之上，唯有命定中轮回转世的仙缘之人才可以降临仙岛。某日，忘忧岛上人声鼎沸，传闻中的仙缘之人降临，而历经了五百年的轮回，仙缘之人早已不记得修仙之道，仙岛众人指点仙缘之人修行之道。并斩灭心魔，将神魔元神中潜伏的魔君意识击败，解开了神魔封印。
3、雨璃的元神在五百年间与神魔元神合二为一，不死不灭，寄宿在仙缘之人的雨璃之戒中，只有当仙缘之人达到飞仙之境，才可以完全调用神魔之力，将雨璃的元神解救出来，为了提升自己的修为，仙缘之人告别仙岛，前往红尘俗世之中修行。（以下将仙缘之人称为“尚羽”）
4、仙岛封印既解，在幻梦古阵的帮助下，尚羽从仙岛踏入红尘，此地名曰青云岭。靠近圣城洛水，然而尚羽却遇见一名少女，少女声称遇到妖兽，希望尚羽帮助自己，尚羽不由怜意大发，本着除魔卫道之意，斩杀妖邪，然而青云岭本是一派祥和，何以出现此事？为调查真相，尚羽决定找出幕后黑手。
5、尚羽得知青云岭居然有一只千年修为的妖狐，料想此妖必定与青云岭之乱大有干系，一番打斗才得知妖狐并非元凶，妖狐缓缓告知尚羽自己对数百年前白帝的倾慕之情，并告诉尚羽真正的幕后元凶乃是千年恶蛟。
6、千年恶蛟实力超群，幸得众人联手将其封印于水洞天之中，千年恶蛟元神离体，被封印所伤，尚羽以逸待劳，重创恶蛟元神，并前往水洞天中，将恶蛟本尊除去。尚羽之名传遍天下，成为修仙界新兴俊彦。
7、尚羽前往洛水城，拜访洛水城主青帝灵威仰，灵威仰见尚羽天资绝佳，体内更是拥有极强的神魔元神，明白了尚羽身份，决定指点尚羽早日踏入飞仙之境，并诚恳邀请尚羽住在洛水城中。
8、尚羽在洛水城中交结天下英豪，得知天下大乱始于镇妖塔之变，镇妖塔内封印的妖帝穷奇修行通天，达到飞仙之境，引来劫雷，破开了镇妖塔封印，穷奇逃出生天，并决定集结天下群妖，攻入洛水城。尚羽告知白帝转世之身的下落，并意图打听出白帝生平往世。
9、尚羽寻找白帝遗物，帮助林远平恢复前世记忆，林远平告诉尚羽前尘旧事。原来五百年前，妖族与人类本是相安无事，直到妖族的延维解开了上古神魔封印，将魔君元神吸入自己体内，化为魔帝，人类与妖族爆发大战，在众多修仙者的努力下，最终打败延维，封印魔君，后世称为妖界之战。在此战中，白帝本着善心，放走了一大批年幼的妖兽，声称并非所有的妖族都是邪恶的，但受到众人的指责，最后白帝放弃飞仙修为，助雨璃一齐封印神魔元神，方才得到众人的认可，五百年后，白帝转世林远平，依旧不后悔当年的选择。
10、林远平恢复白帝记忆，发觉百花谷中隐藏着极强的妖之气息，尚羽与林远平以摄妖香，从狐媚娘口中得知，妖帝穷奇居然准备趁着洛水城主受伤之际围攻洛水，尚羽将消息告知洛水城众人，众人决心合力守卫洛水城。
11、尚羽鼓舞洛水城众人士气，并前往百花谷中将受伤的妖帝穷奇击败，举城士气大增，将围攻洛水城的妖兽击退，然而却发现依然有不少妖兽攻入镇妖塔中，取得镇妖塔之力，城主青帝觉得妖帝别有所图，似乎是故意收集镇妖塔内的神器之力。为追踪穷奇，尚羽决定踏入南诏。
12、南诏传闻是神后女娲后人守护之地，然而却发现大量妖邪作乱，甚至连女娲庙也受到妖邪入侵，女娲石神力被盗，尚羽惊觉，八大神器之力即将被妖帝收齐，穷奇竟然是想打开太一之阵，穿越时空获得神魔之力，为阻止穷奇得逞，众人决定设下小型太一之阵，林远平牺牲自己今生的记忆打开传送之门，然后尚羽终究晚了一步，神魔之力被穷奇获得，但在太一之阵中，尚羽拥有的雨璃之戒吸收了一部分的神魔之力，使得妖帝穷奇无法成为完整的魔帝。
13、妖帝打开水魔宫封印，以神魔之力唤醒上古被神后女娲封印的洪荒巨兽们，妄图使得天下大乱，尚羽收集天下奇物，运用体内的神魔之内将魔兽封印，雨璃告诉尚羽在人间已经找到了博爱之心与守护之力，需要找到的最后一件东西便可以得道，想要知道最后一件东西是什么，最好的办法是通过上古神器昆仑镜，昆仑镜可以照出人心中最重要的东西。
14、尚羽前往昆仑雪域，发现穷奇业已到达此地，昆仑镜下落不明，究竟尚羽能否达到飞仙之境，魔帝穷奇的阴谋何在，敬请期待梦幻飞仙。
二、支线剧情篇
1、青松古事
（1） 韩湘子与雨湘乃是当年名震潇湘的仙侣，妖界之战中，二人斩妖除魔，一时间引为佳话，两人在妖界之战中身死，约定三世三生都要再续情缘，永不分离。
（2） 500年后，韩湘子转世霍青阳无意中获得前世佩剑，在三生石激化下记起前生旧事，懊悔不已，原来雨湘为了等待自己，不惜以灵魂体存在于旧日的青松别苑，如今的青松峰之中，然而三生三世，自己都没记起往事，雨湘悲痛万分，被妖邪所侵。
（3） 霍青阳转世之身不再拥有前世修为，请求尚羽帮助自己前往青松峰中唤醒雨湘的意识。
2、葬花情缘
（1） 一枚海棠之泪上记载着一段凄美的爱情故事。万剑一与沈君瑜是众多妖界之战中悲剧的代表。一位是极具天才的真武，一位是秀外惠中的天师，二人原本与世无争，隐居田园，魔帝延维施下厄难之咒，君瑜不幸中咒。传闻中咒者会被此咒附身，成为邪魔，万剑一背着妻子前往洛水城寻求帮助。
（2） 一路上，二人见到不少咒发化为邪魔的百姓，所幸君瑜灵力惊人，才能压制这么长时间，然而临近洛水城，于百花谷外遭遇妖邪阻挡，虽然万剑一击败众妖，但经此一役，被压制的厄咒迸发，眼见妻子即将化成邪魔，万剑一痛苦地闭上双眼。
（3） 然而邪魔的嘶吼声却没有出现，万剑一只听到熟悉的声音，以及一段不甚明了的咒语，当万剑一睁开双眼，看到的是这样的情景，君瑜使用锁元咒将自己封印在一束海棠花中，微笑地告诉万剑一，希望万剑一永远记住自己美丽善良的样子。海棠花中留下一滴眼泪，它将永远守护着自己所爱之人。
（4） 万剑一痛苦万分，数百年来守护在君瑜葬花之地，死后甚至不愿前往转世，得知一切的尚羽心怀感动，收集神器之力，利用回光决凝聚君瑜灵魂，并希望消除万剑一的怨恨，让两人可以结伴归墟。
3、女娲神石
（1） 南诏的清辉爱上了一名女子，这名女子仿佛仙女一般不可捉摸，清辉决心成为一名强大的男子，然后保护自己喜欢的人。然后似乎是天资不足，无论是术法还是武功都无法领悟，连圣姑都不愿传授他巫蛊之道。
（2） 某日，清辉兴奋地告诉尚羽，有一神秘男子传授他巫术，他终于可以修行了，尚羽为他高兴的同时觉察到一丝不安，觉得巫术过于阴毒，但是清辉说力量本身没有好坏，只要利用它的人是正义的就可以造福世间。
（3） 清辉如愿获得了力量，然而尚羽发现，这居然是邪恶的血祭之术，受此影响，连南诏的圣石碑都被污染，女娲庙的封印被解开，才发觉是一场阴谋，清辉所爱的女子居然是女娲石中的神器之灵化身，为了净化清辉心中的恶念不惜耗尽自身神力，苏醒的清辉痛苦不已，然而大错铸成，女娲庙被妖邪所侵。尚羽为了挽回一切，孤身前往女娲庙中，将入侵神庙的妖邪斩杀干净。然而女娲石神力却被妖邪夺去。
4、待续
三、第二主角-雨璃剧情
1、前尘旧事
相传盘古开天劈地之后，身体毛发化为大地山川，从大神体内诞生出孪生兄妹，分别司管毁灭与创造之力，在兄妹的努力下，大地变得欣欣向荣，兄妹更是创造了万物生灵，传授修行术法，兄妹二人被称为魔君神后，受万物生灵崇拜。但随着生灵不断成长，妖族与人族逐渐成为大地的主宰，两族之中也兹生众多罪恶，魔君认为自己创造出生灵是犯了大错，决定毁灭世间，神后则认为万物生灵虽然会犯错，但更多是善与美，于是与兄长反目，最终神后以神力永久封印住魔君，这便是传说中的魔君伏羲与神后女娲的故事。
2、仙岛封印
不知多少年后，妖族出现一名奇才，名叫延维，居然收集到上古神后封印魔君的八大神器，施展于太一之阵，穿越时空解开了神魔封印，将被封印的魔君元神纳入体内，成为魔帝，延维一改妖族人类和平相处的传统，拉开妖界大战，然而神后之力也被圣女雨璃获得，在众多修仙者共同努力下，妖族大败，延维肉身被封印，魔君元神出窍，意图再寻找新的寄主，在此关键时刻，白帝以牺牲飞仙修为的代价，将魔君之力打散，雨湘以身体为封印，将魔君元神本源之力封印，然而毕竟只是凡人之躯，一部分魔君元神与神后元神同化后逸出，并进入轮回之中，九天玄女预言，雨璃圣女设下的封印最多维持五百年，五百年后，轮回中的神魔元神必将引导着转世之身前来解开封印，无人可以阻拦。
3、封印解开
尚羽（玩家）降临忘忧仙岛，解开了仙岛上的封印，将雨璃释放，但是五百年的时间，雨璃与魔君神后的元神同化归一，无法分离，连雨璃的记忆也发生紊乱，性格也不断变化，雨璃告知尚羽，只有达到飞仙之境，才能将自己元神解救出来，而欲达到飞仙之境，必须找到前世最重要的三件东西，其中两件分别是博爱之心与守护之力，但第三件东西却不得而知。于是尚羽携着雨湘的元神前往红尘开始修行之旅。
4、指导修行
眼见尚羽天资不凡，雨璃体内属于魔君的元神开始苏醒，虽然失去了恶念，但对于修仙之道的追求，不断指点尚羽，使得尚羽修行境界一日千里，而另一面属于神后意识的雨璃则不断告知尚羽正邪之道。在两种意识人格的雨璃指点下，尚羽逐渐成为名震天下的仙侠，更将除魔卫道放于心中。而在修行之中，雨璃更是对尚羽产生了莫名的情愫。
5、飞仙之境
尚羽在昆仑镜面前得知自己最重要的第三件东西其实便是正邪之念，恍然明悟，自己身怀神后与魔君元神，毁灭与创造之力，而自己的本心就是操纵这一切的关键所在，尚羽明悟一切，飞仙成仙，而雨璃的元神也终于得以解脱，雨璃元神离体，却也成就了飞仙之境，与尚羽共踏仙界，追求更高的封神之旅。